Hayas, quejigos, robles, fresnos, encinas, castaños, alisos… viven en las manchas boscosas de Azpeitia. Entre las peñas, se refugian los tejos.

A orillas del río Urola y bajo la gran mole kárstica de Izarraitz, crecen los bosques autóctonos (22 % de su superficie): hayedos de Sistiaga y Agitemendia, robledal de Agerdi, encinar de Madalena… Hayedos y robledales son los más abundantes; los encinares solo ocupan 4 ha. Más de 350 especies de plantas silvestres se conocen aquí.

El paisaje cultural vasco de la campiña con sus tradicionales caseríos, domina en las zonas más bajas; el águila culebrera, el halcón abejero y los lagartos
verde y verdinegro habitan este paraje.

Ante todo, destacan los valores naturales del macizo de Izarraitz, Lugar de Importancia Comunitaria (LIC) dentro de la Red Natura 2000. Da cobijo al alimoche, al aguilucho pálido, al tejón, la garduña, la marta, la gineta, al jabalí, al zorro, al turón y al esquivo gato montés.